紫草根含色素成分、脂肪酸。色素成分為萘醌衍生物, 有紫草素(紫草醌,shikonin)、乙酰紫草素(acetylshikonin)、去氧紫草素(deoxyshikonin)、異丁基紫草素(isobutyshi- konin)、異戊酰紫草素()、β,β-二甲基丙烯酰紫草素(β,β-dimethyla- crylshikonin)、β-羥基-異戊酰紫草素(β-hydroxyisovalerylshikonin)、紫草烷(alkannan)、紫草紅(alkannin)、α-甲基-正-丁酰紫草素(α-methyl-n-butyrylshikonin)、3,4-二甲基戊烯-3-酰基紫草醌(teracrylshikonin). 新疆假紫草根含β-羥基異戊酰紫草醌、3,4-二甲基戊烯-3-酰基紫草醌。脂肪酸主要為軟脂酸、油酸及亞油酸等。